Fatjon Nurja është pedagog në departamentin e Edukimit Fizik dhe Sporte, fakulteti I Shkencave te Edukimit, Universiteti i Shkodrës “Luigj Gurakuqi” që prej vitit 2006. Ai ka eksperiencë në mësimdhënie dhe kërkim shkencor në fushën e Shkencave te Levizjes dhe titullar në lëndët Lojera Sportive Futboll, Teoria e Stervitjes Sportive, Metodike e Lojrave Sportive, Futboll. Ka marrë pjesë në projekte shkencore, konferenca dhe publikime kombëtare e ndërkombëtare. Interesat e tij kërkimore përfshijnë kryesisht Evoluimin Fizik te sportisteve te futbollit ne moshat e reja. Ka mbajtur postin e Presidentit të Shoqatës Sportive Studentore të USH që nga viti 2021 e në vazhdim. Ai ka eksperiencë pune si trajner futbolli i grupmoshave pranë Klubit të Futbollit Vllaznia.