Dr. Merisë Rukaj është lektore në Departamentin e së Drejtës Ndërkombëtare dhe Evropiane, Fakulteti i Drejtësisë, Universiteti i Shkodrës “Luigj Gurakuqi”, që prej vitit 2016. Ajo ka përvojë të konsoliduar në mësimdhënie dhe kërkim shkencor në fushën e së drejtës private evropiane dhe së drejtës ndërkombëtare, si dhe është titullare e lëndëve E Drejta Private Evropiane dhe Pronësia Intelektuale.

Ka ushtruar gjithashtu aktivitet akademik si lektore e ftuar, si dhe ka përvojë mësimdhënieje  në kuadër të programeve të mobilitetit Erasmus+. Ka marrë pjesë në projekte shkencore të financuara nga Bashkimi Evropian, workshop-e dhe konferenca shkencore kombëtare e ndërkombëtare, si dhe është autore e disa publikimeve shkencore.

Që prej vitit 2024 mban postin e Drejtores së Departamentit të së Drejtës Ndërkombëtare dhe Evropiane. Interesat e saj kërkimore fokusohen në të drejtën private evropiane, pronësinë intelektuale si dhe zhvillimet juridike të lidhura me inovacionin.