Diplomuar në vitin 1986 në BioKimi në FSHN, Universiteti i Tiranës. Prej viti 1990 është punonjës mësimor e kërkimor/shkencor në Qendrën e Studimit të Ujërave të Rajonit të Shkodrës (QSURSH), FSHN, USH.

“Doktor i Shkencave” në Biologji (Botanikë) në vitin 2002, Profesor i Asocijuar prej vitit 2010.

Nga viti 2012 dhe aktualisht është Përgjegjës i QSURSH, FSHN, USH.

Ka eksperiencë në kërkim shkencor dhe në mësimdhënie në fushat e Algologjisë dhe të Florës e Bimësisë. Ka marrë pjesë në projekte të ndryshme shkencore. 

Është autor/bashkautor në tekste mësimore, monografi dhe artikuj shkencor dhe ka mbajt e publikua kumtesa të ndryshme.

Ka dhënë vazhdimisht kontribute në hartim dhe reformimin e programeve të studimit në dy ciklet e studimit, në themelimin e Sektorit të Bio-Ekologjisë të Liqenit të Shkodrës dhe të QSURSH, në hartimin e Statutit dhe Rregulloreve të USH, dhe ka dhënë këshillime në drejtim të biologjisë së ruajtjes dhe mbrojtjes së mjedisit.

Është lektor në lëndët: Sistematika e bimëve 1 dhe, Sistematika e bimëve 2 në Bachelor Biologji dhe Kimi;

Flora dhe bimësia dhe Biodiversiteti dhe ruajtja në MSC Biologji Mjedisore.

Publikime kryesore:

Është autor/bashkautor në 3 tekste mësimore, 3 monografi dhe mbi 30 artikuj shkencor në gjuhën shqipe, ose në anglisht; ka marrë pjesë në 14 projekte shkencore, për çështjet e ekologjisë së ujërave dhe të ruajtjes së biodiversitetit, ku në 4 prej të cilëve drejtues lokal; ka prezentuar dhe publikuar mbi 13 kumtesa në konferenca e seminare të ndryshme kombëtare dhe ndërkombëtare;

Publikimet më të rëndësishme u përkasin taksonomisë dhe ekologjisë të algave mikroskopike, (fitoplanktonit) dhe florës së Rajonit të Shkodrës dhe Shqipërisë. Ndër më kryesoret përmendim:

Tekste universitare:

Biodiversitet (2008), “C&P”, Shkoder, 182 fq.

Biogjeografi (2011), “C&P”, Shkoder, 230 fq.

Monografi:

1. “Distribution atlas of vascular plants in Albania”. Hungarian Nat. Hist. Mus.  Budapest, 2017: 1-468 (co-author).
2. “Checklist of vascular plants of Albania“, viti 2018. Phytotaxa vol 378, nr. 1: 1-339, 2018 (co-author).

Artikuj shkencor:

1. Barina, Z. & Rakaj, M. & D. Pifkó. (2013): Contributions to the flora of Albania, 4. Willdenowia – Annals of the Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem, Volume 43, Nr 1, pp. 165-184 (20), ISSN 0511-9618. . http://www.dx.doi.org/10.3372/wi.43.43119.htm..
2. Rakaj, M., Pifkó, D., Shuka, L. & Z. Bárina. (2013):  Catalogue of newly reported and confirmed vascular plant taxa from Albania  - 1990-2012. Wulfenia 20: 17- 42. Mitteilungen des Kärntner Botanikzentrums Klagenfurt. ISSN 1561-882X. http://www.landesmuseum.ktn.gv.at/wulfenia20.
3. Barina, Z., Rakaj, M., Somogyi, G. & D. Pifkó. (2014): The alien flora of Albania: History, current status and future trends. Weed Research – An International Journal of Weed Biology, Ecology and Vegetation Management, vol. 54: 196-215: 1365-3180. https://doi.org/10.1111/wre.12061Digital Object Identifier (DOI).
4. Barina, Z., Pifko, D., Rakaj, M. & S. Barabas. (2015): Taxonomy of Scilla balbania Turrill (Asparagaceae). (2015): Folia Geobotanica DOI 10. 1007/s12224-015-9206-z. Journ. Inst. Bot. Acad. Sc. Czech Rep. http://www.jmaterenvironsci.com/.

Konferenca shkencore:

1. RAKAJ, M. 2009: New aquatic macrophytes for the Flora of Albania from the Lake Shkodra, Drini and Buna basins. Journal of International Environmental Application & Science (JIEAS). Alblakes 09/Special Issue, vol. 4 (3): 278-284. ISSN: 1307-0428. www.jieas.com/volumes/albalakes09.htm.
2. RAKAJ, M. (2012): Biological Conditions of the Lake Shkodra and Buna River: Journal of Environmental Protection and Ecology 13(3), 1397-1404. SciBullCom Ltd. ISSN:1311-5065. www.jepe-journal.info/journal-content/vol-13-no3-2012.
3. RAKAJ, M. & DHORA, DH. (2012): Conspicuous Values and Incisive Environmental Problems of Buna River. Journal of Environmental Protection and Ecology 13(3): 1366-1374. SciBullCom Ltd. ISSN: 1311-5065. Impact Factor. http://www.jepe-journal.info/journal-content/vol-13-no3-2012.
4. Bushati, N., Brunga, A., & M. Rakaj. (2025): Assessment of microbial quality in private water sources of Shkodra city through Compact Dry EC and membrane filtration method. International Journal of Ecosystems and Ecology Science, 15(2), 185–192. https://doi.org/10.31407/ijees15.2

Projekte të fituara:

1. Kordinator lokal për projektin: ELUMINOS (Integrated monitoring of Shkodra Lake) të financuar nga  HRK Germany (2003-2007). 
2. Kordinator lokal në projektin: Vlerësim i saprobisë dhe bimët endemike të lumit Drin. SEE_ERA Net project pilot in collaboration with MASH. Financuar nga German Aerospace Center (DLR) (2007-2008).
3. Kordinator për projektin: Vlerësimi i cilësisë ekologjike të ujit të ekosistemit ujor të Liqenit të Shkodrës sipas standardeve të BE dhe të Direktivës Kuadër të Ujërave (WFD). Universiteti I Shkodrës (2021).
4. Anëtar në projektin: Investigation of Shkodra/ Skadar Lake Eutrophication level. Albania/Montenegro Lake Skadar/Shkoder Integrated Ecosystem Management. Supported by World Bank in collaboration with USH “Luigj Gurakuqi” (2012.)
5. Anëtar në projektin: Regional Network for Biodiversity Information Management and Reporting (BIMR)”, Macedonia Ecological Society (MES). Supported by GIZ (2018-2019).
6. Ekspert në projektin: Conservation and Sustainable Use of Biodiversity at Lakes Prespa, Ohrid and Shkodra: Regional Project in Albania, Macedonia and Montenegro to the EU Water Framework Directive (WFD). Supported by “GIZ and FMECD (2012-2014)”.
7. Anëtar në projektin: Monitorimi i integruar i ndotësve dhe vlerësimi i përditësuar i ujërave të Liqenit të Shkodrës. Akademia e Shkencave e Shqipërisë (AShSh), Shtator 2025- Dhjetor 2026.
8. Member of project number SA 0300297: Protecting and recovery of high mobile marine species in the programme area (SPEEDY). Interreg IPA South Adriatic 2025-2026.

Ka udhëhequr mbi 13 diploma në masterat shkencorë në Biologji Mjedisore.

Interesat kërkimore: në fushat e Fitoplanktonit (Algologji), Florë dhe bimësi dhe Ekologjia e ujërave.