Që në fillimet e veta, seminari ndërkombëtar "Shkodra në shekuj" ka synuar të krijojë një platformë ndërdisiplinore për të diskutuar dhe eksploruar trashëgiminë kulturore të rajonit të Shkodrës dhe Veriut të Shqipërisë, synim që vijon të mbetet sërish parësor. Qëllimi kryesor është të ofrojë një analizë gjithëpërfshirëse mbi rolin e këtij rajoni në formësimin e identitetit shqiptar dhe ndikimin e tij në zhvillimin ekonomik dhe kulturor.